Το πρόγραμμα στα Σχολεία Δεύτερης Ευκαιρίας είναι ταχύρρυθμο και διαρκεί 18 μήνες, που διακρίνονται σε δύο εννεάμηνες περιόδους (δύο σχολικά έτη). Το εβδομαδιαίο ωρολόγιο πρόγραμμα καλύπτει 25 ώρες (21 διδακτικές ώρες και 4 ώρες εργαστήρια, διαθεματικά projects) και είναι απογευματινό, από τις 4.30 ή 5.00 έως τις 8.30 ή 9.00.

Η επιτυχής ολοκλήρωση της διετούς φοίτησης του εκπαιδευομένου πιστοποιείται με τίτλο ισότιμο με το απολυτήριο του Γυμνασίου.

Το πρόγραμμα σπουδών των Σ.Δ.Ε. διαφοροποιείται σημαντικά από τα αντίστοιχα της τυπικής εκπαίδευσης, κυρίως ως προς τις αρχές, το περιεχόμενο, τη διδακτική μεθοδολογία και την αξιολόγηση των εκπαιδευομένων.

Στον πυρήνα του προγράμματος σπουδών των Σ.Δ.Ε. τίθενται οι βασικές γνώσεις-δεξιότητες, όπως ορίζονται στο υπόμνημα για τη Διά βίου μάθηση της Ευρωπαϊκής Ένωσης (2000). Αυτές είναι η γραφή, η ανάγνωση, οι αριθμητικοί υπολογισμοί, η γνώση μιας ξένης γλώσσας και η χρήση Η/Υ. Η ενίσχυση των εκπαιδευομένων στις παραπάνω δεξιότητες αποτελεί κύριο στόχο του προγράμματος.
Οι εκπαιδευόμενοι διευκολύνονται ώστε να ανταποκρίνονται στις απαιτήσεις διαφορετικών κοινωνικών χώρων και πλαισίων επικοινωνίας. Ο χώρος της εργασίας, ο κόσμος της εικόνας, των Μ.Μ.Ε., της διαφήμισης, ο κόσμος των φυσικών επιστημών, ο χώρος της πολιτικής και του ευρύτερου κοινωνικού προβληματισμού απαιτούν από το σημερινό πολίτη ποικίλες δεξιότητες και ευελιξία στη χρήση τους, ώστε να επικοινωνεί αποτελεσματικά τόσο γραπτά όσο και προφορικά. Γι'αυτό και υιοθετείται η αντίληψη των πολυγραμματισμών, ως βασική αρχή του προγράμματος, σύμφωνα με την οποία ο γραπτός και προφορικός λόγος προσδιορίζεται από τον κοινωνικό χώρο στο πλαίσιο του οποίου αρθρώνεται.

Το πρόγραμμα σπουδών περιλαμβάνει τα παρακάτω αντικείμενα:

1. Ελληνική γλώσσα
2. Μαθηματικά
3. Πληροφορική
4. Αγγλικά
5. Κοινωνική εκπαίδευση
6. Περιβαλλοντική εκπαίδευση
7. Αισθητική αγωγή
8. Στοιχεία Τεχνολογίας και Φυσικών επιστημών
9. Προσανατολισμό-Συμβουλευτική σε θέματα επαγγελματικής σταδιοδρομίας

Τα παραπάνω "μαθήματα" δεν περιχαρακώνονται αυστηρά στα όρια του αντίστοιχου επιστημονικού πεδίου, αλλά αξιοποιούν στοιχεία από πολλές επιστήμες. Οι δεξιότητες που βρίσκονται στον πυρήνα του προγράμματος αποτελούν στόχο όλων των εκπαιδευτικών δραστηριοτήτων, διατρέχουν δηλαδή όλο το πρόγραμμα σπουδών.